我在实验室里的日子

esh14

但是总觉得Bioanalyzer QC Result 有点不能reproducible。。 尤其是Concentration方面。。。您有何看法？
还有就是呢，为什么Bioanalyzer QC Result 的 Concentration 与UV Spec 的Concentration有差呢？请多指教。。

斷羽鳥

原帖由 lipterstar 于 29-9-2008 12:25 AM 发表
这是要看时间限制的，时间充足当然才能够做多几个model....
EL小代表protein structure越stable。。。
通常verify一个做好了的protein后会有一个value，代表这个protein的可用度。。。
只要这个value有接近70%那么 ...

问几个问题：
1）60％ 和 90％ ， 到底窍门在什么地方? 为什么你不能拿到90％
2)  能做几个model应该和你的电脑速度有关吧，你们最快的速度可到达多少？

lipterstar

1) 这个问题很难用文字答你，我尽量答
每一次generate model是random的，每次的EL不一样是因为电脑fold protein的方法不一样。如果这次fold到EL小，可能fold多一次（同样sequence不一样folding）EL会变回高，也有可能EL会更小。。。
一个protein有那么多residue，你如果要generate全部可能能用的protein的话可能有n种folding，你不可能有时间generate酱多model的，所以拿到60%还是90%就是看luck了的。。。
拿到90%的几率是会少一点，不过的确是有窍门可以提高，没有数据和图很难解释给你听因为很多是supervisor的经验，他解释给我听也要半个钟才给懵嚓嚓的我看懂 。。。。

2)对。除了research project的时间限制，电脑速度也是关键。supervisor给我的慨念是他要做一个90%的model花了半年时间，generate大概5个model（用超级电脑，速度我不知道，有包括很多modification和细节的变化处理），而我的FYP只有少过一年时间 而且是普通电脑，RAM也2GB罢了。。。
他说要看我的运气了，多数人用普通电脑要拿到60%应该不是问题，degree thesis还没有必要花思拿到90%酱高（反正这些只是supporting data），不然会没有时间做其它事情。。。

斷羽鳥

原帖由 lipterstar 于 29-9-2008 11:27 AM 发表
1) 这个问题很难用文字答你，我尽量答
每一次generate model是random的，每次的EL不一样是因为电脑fold protein的方法不一样。如果这次fold到EL小，可能fold多一次（同样sequence不一样folding）EL会变回高，也有可 ...

多问几个哦， 希望你别吝啬赐教。 你来自那个学府，那里有没有好电脑的？ 你所谓的普通电脑，就是普通的PC／workstation？ 做么他们叫你用普通PC／workstation的？没有快点的计算机给你们用么？这些应该都不会在windows下作业，酱你们都应该在Unix平台下作业咯？

TonyDaisie

你是数学还是biology 的？？？？

lipterstar

原帖由 斷羽鳥 于 29-9-2008 11:38 AM 发表


多问几个哦， 希望你别吝啬赐教。 你来自那个学府，那里有没有好电脑的？ 你所谓的普通电脑，就是普通的PC／workstation？ 做么他们叫你用普通PC／workstation的？没有快点的计算机给你们用么？这些应该都不会在windows下作业，酱你们都应该在Unix平台下作业咯？ ...

其实很多都是supervisor教的，我负责消化而已，我边想边写，会想到更多我想漏的point呢，赐教太言重，分享刚刚所学的就真。。。
我是UTM的，是普通的PC/workstation没错，我们的workstation才刚设立一年，应该没有多余的fund买那种超级电脑吧 。。。。
的确应该用unix的不过真的很少人会用（包括我），不过我们的master student就真的被lecturer train用unix作业，degree student太多了，也教不及，所以用windows罢了咯

lipterstar

原帖由 TonyDaisie 于 29-9-2008 11:46 AM 发表
你是数学还是biology 的？？？？

做么酱问？
我是biology的，我数学逊到爆 。。。

斷羽鳥

原帖由 lipterstar 于 29-9-2008 12:15 PM 发表


其实很多都是supervisor教的，我负责消化而已，我边想边写，会想到更多我想漏的point呢，赐教太言重，分享刚刚所学的就真。。。
我是UTM的，是普通的PC/workstation没错，我们的workstation才刚设立一年，应 ...

酱普通的那种PC／WORKSTATION，如果有DUO CORE或者 QUAD CORE 也是能够做并行运算的。你们都是用并行运算咯？

ＵＴＭ　应该有架ＣＲＡＹ的啊？

[ 本帖最后由 斷羽鳥 于 29-9-2008 12:23 PM 编辑 ]

斷羽鳥

原帖由 lipterstar 于 29-9-2008 12:18 PM 发表


做么酱问？
我是biology的，我数学逊到爆 。。。

他应该是对你有兴趣　。。。谁叫你酸他？

lipterstar

原帖由 斷羽鳥 于 29-9-2008 12:18 PM 发表


酱普通的那种PC／WORKSTATION，如果有DUO CORE或者 QUAD CORE 也是能够做并行运算的。你们都是用并行运算咯？

我不知道哦。。。
现在raya假期中，在家。。。
下次回去留意看。。。

斷羽鳥

原帖由 lipterstar 于 29-9-2008 12:23 PM 发表


我不知道哦。。。
现在raya假期中，在家。。。
下次回去留意看。。。

好的，记得跟我讲哦　。。。　我对这些很有兴趣的。靠塞你啦　。。。

lipterstar

原帖由 斷羽鳥 于 29-9-2008 12:19 PM 发表


他应该是对你有兴趣　。。。谁叫你酸他？

我那里有。。。。
表乱讲话。。。。。

lipterstar

原帖由 斷羽鳥 于 29-9-2008 12:25 PM 发表


好的，记得跟我讲哦　。。。　我对这些很有兴趣的。靠塞你啦　。。。

ok。。。。

eve_angel

原帖由 esh14 于 29-9-2008 12:38 AM 发表
但是总觉得Bioanalyzer QC Result 有点不能reproducible。。 尤其是Concentration方面。。。您有何看法？
还有就是呢，为什么Bioanalyzer QC Result 的 Concentration 与UV Spec 的Concentration有差呢？请多指教。 ...

我也是发现有些差别。
有时候会不准，或者有出入可能是因为concentration 太高。高出了machine 的 limitation。 所以必须要做个dilution，确定一下concentration 会不会太高。
根据专家的说法，各种仪器有时候会因为calibration的问题，难免有出入。
所以，如果你 在determine concentration for downstream work是用UV spec， 就坚持用同一架machine throughout your experiment。
如果一开始你用的是bioanalyzer，那么接下来就一直用bioanalyzer。这样，可以减少experiment variation。
我用bioanalyzer 只是要知道rna quality, RIN no。 等等。
计算concentration，我则是根据 nanodrop 的reading。
而且从头到尾都是用回同一架nanodrop。

esh14

原帖由 eve_angel 于 29-9-2008 01:59 PM 发表


我也是发现有些差别。
有时候会不准，或者有出入可能是因为concentration 太高。高出了machine 的 limitation。 所以必须要做个dilution，确定一下concentration 会不会太高。
根据专家的说法，各种仪器有时候 ...

噢！原来如此。。谢谢您的解释哦！真的很明白。。
想要问下，您也dealing with RNA的吗？
RNA会否真的很容易degrade？一直都要on ice 吗？
UV时，也需on ice 吗？放在Room temp会影响ratio或overall result 吗？

lipterstar

做么要拿RNA去UV？好奇。。。。。

esh14

原帖由 lipterstar 于 29-9-2008 10:00 PM 发表
做么要拿RNA去UV？好奇。。。。。

目的是要测试RNA的quality。。。QualityControl的criteria之一。。。
通常都会check RNA ratio， Net absorbance，及 concentration。。
Ratio看是否在1.8-2.2之间。。查看有没有contamination之类咯！

lipterstar

噢。。。。。明白。。。。

TonyDaisie

是uv-spectrophotometer吗？

esh14

原帖由 TonyDaisie 于 29-9-2008 10:27 PM 发表
是uv-spectrophotometer吗？

是的．．